Celem istnienia Fundacji Uniwersytetu Warszawskiego jest finansowanie bazy materialnej Uczelni, zapewnianie dopływu nowoczesnej aparatury, książek i czasopism, wspieranie rozwoju kadry i badań naukowych UW. Działalność Fundacji UW opiera się na współorganizowaniu i finansowaniu różnych przedsięwzięć UW:
- kupowaniu i przekazywaniu na własność lub do korzystania przez UW aparatury, książek, czasopism, zbiorów bibliotecznych, wyposażaniu uniwersyteckich stacji badawczych i laboratoriów,
- finansowaniu własnych badań naukowych Uczelni oraz prac naukowo-badawczych, prowadzonych przez koła studenckie, udzielaniu stypendiów naukowych pracownikom naukowym UW (ze szczególnym uwzględnieniem młodej kadry naukowej),
- finansowaniu konferencji, sympozjów i spotkań o charakterze naukowym, organizowanych przez jednostki UW, a także inicjatyw wydawniczych, dotyczących wszelkiej działalności Uniwersytetu,
- pomocy w rozwoju bazy materialnej i socjalnej Uczelni poprzez budowę nowych gmachów przeznaczonych na potrzeby Uniwersytetu oraz remonty i modernizacje budynków już istniejących.
Fundacja UW nie prowadzi działalności gospodarczej. Środki na realizację zadań uzyskuje dzięki hojności instytucji, firm oraz osób fizycznych, pragnących wspomóc rozwój i działalność UW.
Fundacja przyjmuje darowizny na ogólne cele statutowe, jak też na finansowanie konkretnych projektów lub poszczególnych jednostek UW. Działalność finansową Fundacji UW cechuje charakterystyczna dla organizacji pozarządowych jawność i transparentność, szczególnie wobec ofiarodawców. Zarząd Fundacji składa coroczne sprawozdanie Senatowi UW, zaś sprawozdanie finansowe Fundacji podlega badaniu przez niezależnego rewidenta.
W Zarządzie i Komisji Rewizyjnej Fundacji zasiadało wielu wybitnych przedstawicieli warszawskiego środowiska akademickiego ze wszystkich niemal wydziałów UW, wybieranych przez Senat UW na kolejne kadencje. Wszyscy członkowie organów Fundacji pełnią swoje funkcje nieodpłatnie.